Borso Merli, di cui si ignora la data di nascita, divenne vescovo di Bobbio il 15 novembre 1546 e resse la diocesi per quattordici anni, succedendo ad Ambrogio Trivulzio. Nel 1556 era suffraganeo del vicario di Roma, Virgilio Rosari, circostanza che fa supporre una sua presenza non episodica nell’Urbe.
Nell’ottobre 1560 rinunciò e dal 29 novembre divenne nuovo vescovo bobbiese Sebastiano Donato.
Merli, divenuto vescovo emerito, morì a Roma, dove divenne collaboratore del cardinale Girolamo da Correggio, nel 1563.